El proyecto, que abarca 2.9 hectáreas, comenzó su construcción en 2023 con una autorización provisional para alojar a personal dedicado a la seguridad y educación ambiental en la zona. No obstante, casi dos años después, la Sedena presentó ante la Semarnat la Manifestación de Impacto Ambiental para evaluar y autorizar el cambio a un hotel ecoturístico.
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La Sedena justificó la modificación del proyecto original argumentando la necesidad de una infraestructura turística que ofreciera todos los servicios necesarios en una región de alto interés arqueológico y turístico. El hotel, ubicado a 10 kilómetros de la zona arqueológica, cuenta con instalaciones como restaurante, alberca, bar, oficinas administrativas, y capacidad para 212 vehículos.
El Hotel Tren Maya Calakmul fue inaugurado el 14 de septiembre de 2023 por el entonces presidente Andrés Manuel López Obrador, en compañía de Claudia Sheinbaum, consolidando la transformación de un alojamiento funcional en un desarrollo turístico de mayor envergadura en una de las áreas patrimoniales más importantes de México.